Soriano Lara Saúl, Morales Baez Izmir, Hernández Olicón Aura Patricia, Olguín Ruiz Gabriela Edith, Sánchez Vallejo Carlos Javier, Carreño Durán Luis Ramón
La emergencia global del virus causante de mpox en múltiples países desde mayo de 2022 ha resaltado la necesidad de herramientas rápidas y precisas para identificar y caracterizar las cepas circulantes. Los enfoques bioinformáticos basados en hibridación virtual de sondas específicas contra genomas virales y generación de huellas genómicas virtuales (VGF) surgen como alternativas prometedoras para una identificación y clasificación acelerada de aislados virales.
Clasificar genomas virales de mpox mediante su huella genómica por hibridación virtual utilizando la plataforma VAMPHyRE.
Se descargaron 101 genomas completos de mpox y de otros virus que provocan enfermedades exantemáticas. Se generaron matrices de distancia y huellas genómicas con el programa VH 5.0 de VAMPHyRE. Se realizaron alineamientos múltiples y por pares con Muscle. Se construyeron árboles taxonómicos basados en el método Neighbor-Joining.
El árbol basado en huellas genómicas de mpox se observó mejor resuelto y logró separar estos virus en los clados que ya han sido descritos. La Huella genómica puede identificar claramente cada virus. Hubo correspondencia entre los árboles generados por alineamiento y por huellas genómicas, logrando separar satisfactoriamente a los mpox de los otros virus exantemáticos y entre los distintos brotes de estos.
VAMPHyRE demostró ser una herramienta para clasificaciones in silico empleando huellas genómicas, discerniendo al virus mpox de otros virus exantemáticos. Su versatilidad permite emplear secuencias incompletas, estableciendo relaciones taxonómicas útiles para la epidemiología molecular.
Introducción del autor