Federación Mexicana de Patología Clínica, A.C.

I N T R O D U C C I Ó N

La región del HLA es la más variable del genoma humano. Codifica para glicoproteínas de presentación de antígenos. Algunos haplotipos están asociados al desarrollo de patologías como la esclerosis múltiple (HLA-DR15) o enfermedad celiaca (HLA-DQ2 y DQ8). y su importancia clínica está en la histocompatibilidad para trasplantes. Los métodos actuales para tipificación son costosos y tardados, pero existen alternativas más veloces y accesibles como la secuenciación de nanoporos (MinION). Aunque existen kits comerciales para las PCR previa, el diseño de iniciadores permite ajustar parámetros de interés para el laboratorio y robustecer protocolos de análisis para su uso en investigación.

O B J E T I V O S

Obtener iniciadores óptimos para la amplificación de los genes del HLA para su posterior secuenciación.

M A T E R I A L E S   Y   M É T O D O

Existen limitantes y requerimientos para el diseño de iniciadores: cumplir con los criterios para PCR, especificidad al gen y amplificar todos los alelos conocidos cuidando el balance alélico. La estrategia de diseño se basa en el análisis de haplotipos del tamaño de los iniciadores mediante secuencias obtenidas del IMGT. Con un pipeline programado en C++ se determinó el número de haplotipos necesarios para cubrir una fracción mínima de las secuencias disponibles en la alineación. Para la amplificación completa seleccionamos como blanco las regiones antes y después del codón de inicio y stop y obtuvimos posibles iniciadores utilizando Primer BLAST de NCBI. Filtramos de acuerdo al número de haplotipos presentes, cobertura y criterios de diseño establecidos por guías internacionales.

R E S U L T A D O S

Se obtuvieron los siguientes pares de iniciadores: • HLA-A: 3 • HLA-B: 3 • HLA-C: 2 • HLA-DPA1: 1 • HLA-DPB1: 6 • HLA-DQA1: 2. Algunos genes siguen en proceso de análisis.

C O N C L U S I O N E S

El diseño de iniciadores óptimos es el primer paso para obtener material correcto y suficiente para la tipificación por secuenciación de los alelos del sistema del HLA. Se requieren métodos accesibles y rápidos para brindar a los pacientes de trasplante resultados confiables.